CUSMART: Paralelización eficaz del emparejamiento de cadenas con acelerador GPGPU

Adnan OZSOY ,  

Mengu NAZLI ,  

Onur CANKUR ,  

Cagri SAHIN ,  

Abstract

Presentación de una versión paralela de la biblioteca de herramientas para la investigación de algoritmos de coincidencia de cadenas (SMART), implementada en la plataforma de arquitectura de dispositivos de cálculo unificado (CUDA) de NVDIA, utilizando el concepto de programación de procesamiento gráfico general (GPGPU) para mejorar el rendimiento y comprender más profundamente las versiones paralelas de estos algoritmos de coincidencia de cadenas. Se ha desarrollado una biblioteca CUSMART optimizada con la API de CUDA, integrando 64 algoritmos paralelos de coincidencia de cadenas, y se ha evaluado el rendimiento de estos algoritmos en varios escenarios para garantizar una comparación completa y justa, y luego identificar sus ventajas y desventajas en contextos de aplicación específicos. Se han explorado y establecido tecnologías de optimización para evaluar su impacto en el rendimiento de los algoritmos. Los resultados de este estudio destacan el potencial del cálculo GPGPU en aplicaciones de coincidencia de cadenas, mostrando mejoras significativas en el rendimiento. Además, se identificaron los algoritmos más y menos efectivos en diferentes escenarios.

Keywords

coincidencia de cadenas; programación paralela; programación de procesador gráfico (GPU); procesamiento gráfico programable (GPGPU); NVDIA; arquitectura de dispositivos de cálculo unificada (CUDA); herramientas de investigación de algoritmos de coincidencia de cadenas (SMART)

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